有很多企业在境外完成了设立子公司行为，但由于种种原因没有办理境外投资备案手续，这可能导致以下后果：

第一，投资主体可能会被中止或停止实施境外投资并处以警告。依据《企业境外投资管理办法》规定，如果项目未取得核准文件或备案通知书而擅自实施投资的，由核准、备案机关责令 投资主体中止或停止实施该项目并限期改正，对投资主体及有关责任人处以警告构成犯罪的，依法追究刑事责任。

第二，如果有提供融资、担保的，依法依规处罚。金融企业为属于核准、备案管理范围，但为未取得核准文件或备案通知书的项目提供融资、担保的，由国家发展改革委通报该违规行为并商请有关金融监管部门依法依规处罚该金融企业及有关责任人

第三，目前在实际操作中，影响最大的是外汇进出受限。如果需要进行对外投资却未按照要求进行备案或核准，投资资金将无法通过银行顺利汇出，无法完成投资工作。另外，如果境外公司的利润分利等，也无法通过银行渠道汇进。

第四，如果境外子公司要返程投资回大陆，如果没有办理境外投资备案手续，也无法完成返程投资。

由于目前境外投资备案手续不能补办，如果有企业已经有上述行为，最好请专业的咨询公司重新设计境外投资和ODI备案手续，将已有子公司和未来的海外投资规范化、合规化。