在办理深圳企业对外投资备案ODI时，在商务部的系统操作指南如下：

【商务部业务系统统一平台】：①登录广东政务服务网（http://www.gdzwfw.gov.cn/portal/guide/11440300MB2C92181C344201800900002）查询深圳市商务局的境外投资备案办事指南→立即办理→登录商务部业务系统统一平台（https://ecomp.mofcom.gov.cn）→对外投资合作信息管理（经济合作模块）/国内企业在境外开办企业（金融类企业除外）备案和核准，点击在线申报→对外投资合作信息服务非电子钥匙用户→资格类②
【新设、并购】境内主体信息录入→申请证书→填写表格→保存、上报→打印备案表/境外并购事项前期报告表
【增减资、变更境外公司信息、注销、再投资】证书查询→操作→选择相应操作→保存、上报→打印备案表/境外投资终止报告表/再投资报告表
【变更境内主体名称】境内主体管理→主体信息变更→填写表格→保存、上报→打印备案表
【境内主体划转】境内主体管理→境内主体变更→填写表格→保存、上报→打印备案表